Postupem času, křesťané přestali nadšeně očekávat příchod Krista. V křesťanstvu se začaly vyskytovat nejrůznější rozdíly v chápání NZ. Lidem nestačilo scházet se jako prostí věřící, kde každý zastával svůj úkol v souvislosti s darem Ducha, ale chtěli se sjednotit ve skupinu více sborů pod jednu hlavičku. Podobně jak tomu učinili lidé po potopě, když vystavěli město s „Babylonskou věží“. Místo toho, aby tehdy šli a naplnili zemi, jak jim přikázal Hospodin, učinili sobě jméno a soustředili se do jednoho místa. Stejně tak i křesťané, překročili biblické učení o místním sboru, a vytvořili vyšší správní celek, tedy nad-sborovou skupinu. Podle Písma jsou všichni znovuzrození lidé navzájem bratry a sestrami v Kristu, tzn. jsou si jako sourozenci rovni. Mezi pozdějšími křesťany však vzniklo rozdělení, na prosté lidi – „laiky“ a duchovní – „duchovenstvo“. Bylo posunuto učení o „starších bratrech“ tak, že postupem času vznikaly v církvi hodnosti.

Vše začalo velice nenápadně. Z každého místního sboru byl vybrán člověk - zástupce, který zastupoval sbor u ostatních, na různých poradách, ke kterým se scházeli. Dále, z těch porad ustanovil dalšího člověka – zástupce skupiny, který zastupoval stanovisko dané skupiny na vyšších poradách – biskupa. Biskup byl nad autoritou místního sboru. Postupně kolegium biskupů ustanovilo vedoucího biskupa – arcibiskupa. V nejpočetnější církvi, která byla v Římě, vytvořili nový titul - „náměstek Kristův na zemi“ - čili papež. Římskokatolická církev učí, že je nástupcem apoštola Petra na zemi. Bible však žádné takové učení nezná a definuje pouze otázku místního sboru, kde je hlavou Kristus. Ne nějakou organizaci, kde je hlavou „sebe-duchovnější“ člověk.

Vidíme zde jasný odklon od toho, co Pán církve skrze apoštoly zanechal. Jazykem NZ byla hovorová řečtina, tak aby jí rozuměl každý. Jazykem většiny státních církví se stala latina, jazyk učenců, kterému prostí věřící nerozuměli. Bohoslužby se konaly v latině, takže prostý věřící jen opakoval, nazpaměť naučené citáty. Apoštolé hlásali slovo s mnohými útrapami a rozšiřovali učení skrze dopisy, které byli inspirovány Duchem svatým a měli být mezi věřící rozšiřovány. Apoštol Jan v knize Zjevení uzavřel soubor Písem, které Bůh, skrze apoštoly vydal, jako celek. K tomuto celku nemá a nesmí být přidáno nic lidské.
A kdyby někdo ubral ze slov knihy tohoto proroctví, Bůh odejme jeho díl z knihy života a ze svatého města a z těch věcí, které jsou zapsány v této knize. (Zj 22:19) NBK

Ve státem uznané církvi však byla četba Písem pro laiky zakázána a nahrazena dogmaty a nejrůznějšími vyznáními. Na místo poznání každého jednotlivce, jak si to Bůh přeje (Ef 1:18), byla pro stát výhodnější slepá víra.
Jednotliví věřící se od sebe začali stále více odlišovat, až došlo ke vzniku různých organizací. Vždy v historii existovaly skupinky lidí, kteří se nepřipojili k tolerovaným církvím a pokračovali v odkazu apoštolů. Častokrát za svou víru byli tzv. křesťany vyvražďováni. Byla to lstivá taktika satana, který velice záhy po vzniku církve začal útočit z „vlastních“ řad věřících a nabourával učení. Již apoštol Pavel varoval starší bratry v Efezu:
„Z vás samých povstanou muži, jenž budou mluviti převrácené věci, aby obrátili učedlníky po sobě“ (Sk 20:30). KR